사비로 영치금을 넣어줬다는 주장은 제가 찾기로는 위키백과밖에 없네요. 따라서 이를 뒷받침 할 정확한 기사가 없는 한 이 주장은 사실로 받아들일 수 없다고 봅니다. (이를 언급하고 있는 뉴스를 알고 계신 분은 댓글로 링크 좀 걸어주세요.)
우선, 문재인이 국선변호인이 아님에도 재판에 참여한 것은 맞습니다. 하지만, 변호사가 변호업무를 자발적으로 맡은 것은 별 문제가 되지 않습니다. 오히려 살인범이라도 민주국가라면 응당 공정한 재판을 받을 권리가 있죠.
즉, 애초부터 변호에 참여한 사실, 그로인한 결과는 변호사에게 책임을 묻을 수 없다는겁니다. 이것이 피고인에게 유리한 변호를 하는 행위가 법적으로 인정된 변호사의 권리이고, 변호사의 변호를 수용할지 말지 결정하는 것은 재판부의 몫이기 때문이죠.
그리고 당시 상황을 이해할 필요가 있다고 봅니다. 그 어떤 사건으로도 살인을 합리화 할 수 없지만 당시 여론의 분위기는 외국인근로자 법률상한을 지키지 않은 회사책임과 더불어 한국인 선원들로부터 욕설과 폭력을 당한 피고인들에 대한 동정여론이 짙게 깔렸던 것으로 추정됩니다. (옛날신문 기사를 보고 추정한 겁니다.) 이런 분위기에서는 피고인이 가해자보다는 소수자로 여겨지기 쉽고, 부산변협 인권위원장을 맡고 있던 문재인이 나선 것이겠죠.