1943년에는 간도특설대로 전근, 3년 동안 이 부대에 배치되어 활약했다. 만주군 간도특설대는 1938년부터 당시 만주 지역에서 활약하던 사회주의 계열의 김일성, 강건, 김광협, 최용건 등이 가담한 동북항일연군[5] 및 팔로군 소속 게릴라 부대를 주로 상대하며 여러 차례의 잔혹한 토벌작전을 벌여 악명이 자자했다. 이 때문에 간도특설대 복무 경력이 있는 백선엽도 기계적으로 친일반민족행위자로 분류되고 있다. 그러나 한편으로는 백선엽이 배치되기 한참 전인 1940년에 이미 김일성 및 만주빨치산파 독립운동가들은 토벌을 견디다 못해 동북항일연군을 빠져나와 소련 연해주로 망명하여 소련군에 배속되었으므로, 실제 독립운동가들을 맞상대할 일은 없었다는 반론도 존재한다.
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조선인민군원수 김일성
강건, 김광협 둘다 조선인민군 총참모장
최용건 조선인민군 총사령관
아 그래서 허연 뇌수 질질 흐르는 대가리깨진 깨문이들이 백선엽장군을 욕하는구나. 요 빨갱이 새끼들