복학생협의회 집행위원장이었던 유시민은 사건을 수습하던 중 구속되어 1심에서
징역 1년 6개월, 2심에서 징역 1년형을 선고받았다. 사건을 담당했던 관악경찰서
김영복 수사과장은, 유시민은 폭행을 지시하거나 가담한 사실이 없지만, 당시 서울시경
고위 간부의 지시에 따라 신병 확보가 쉬운 유시민에게 혐의를 씌웠다고 주장했다.
가장 심한 폭행을 당했던 피해자 전기동은 당시 경찰의 신문 조서를 근거로 유시민이
직접 폭행을 하지는 않았지만 폭행 행위를 묵인하고 피해자들을 조사했다고 주장했다.
전기동은 2006년 한나라당이 주최한 기자회견에서 유시민(당시 보건복지부 장관 내정자)
이 직접 폭력을 행사한 사실이 없다고 밝히고, 서울대 총학생회장이었던
심재철(당시 한나라당 국회의원)도 사건에 가담했다고 주장했다.