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공수처 설치 주장이 나온 건 김대중정부 시절이다. 시민사회를 중심으로 검찰을 견제할 독립적인 수사기관이 필요하다는 목소리가 나왔다. 당시 야당이던 한나라당도 공감대를 형성했다. 1998년 이회창 당시 한나라당 총재가 참여연대와 만나 `고위공직자비리특별수사처` 추진을 논의했다.
1999년에는 박상천 당시 법무장관이 업무보고를 통해 김대중 전 대통령에게 대검 중앙수사부를 폐지하고 검찰총장 산하 준독립기구인 `공직비리수사처`를 신설하는 방안을 보고하기도 했다. 그러나 검찰의 반발에 부딪혀 현실화하진 못했다.
`고위공직자비리조사처`를 공약으로 내건 노무현정부는 공수처 논의에 본격적으로 불을 붙였다. 취임 초부터 검찰 개혁을 과제로 내건 노무현 전 대통령은 대검 중수부 폐지와 공수처 신설을 추진했다. 2004년 11월엔 정부 주도로 `공직부패수사처 설치에 관한 법률안`까지 발의했다.
그러나 당시 한나라당이 반대했다. 그해 8월 한나라당은 `공수처 추진 백지화 결의안`을 냈다. 공수처가 정권의 권력 유지를 위한 제3의 기관이 될 것이라는 게 이유였다. 검찰의 반발도 거셌다. 송광수 당시 검찰총장이 "정치적 저의가 있는 것 같다"며 "내 목을 치라"는 발언까지 했다.
2012년 대선에선 공수처를 대신할 `상설 특검 제도`를 공약으로 내건 박근혜 전 대통령이 당선되면서 논의는 수면 아래로 내려갔다.