1) 1867년 말 대정봉환이 일어나 에도 막부가 끝나고 메이지 유신 시기가 시작되었다. 그러나 덴노가 이끄는 조정은 천여 년에 가까운 세월 동안 실제 국정에는 손을 놓았기 때문에 나라를 운영할 능력이 결여되었으므로, 거의 대부분 막부 시절의 인사와 조직이 실무행정을 맡았다. 또한 막부는 형식상으로는 대권을 덴노에게 반환하였음에도 불구하고 외교권을 비롯하여 여러 가지 실제적인 권력을 손에 놓지 않았다. 그리하여 막부 세력과 반(反)막부 세력의 갈등이 점점 커졌다.

2) 결국 1868년 1월부터 이듬해 6월까지 1년 5개월에 걸쳐 무진전쟁이 일어난다. 이때 메이지 덴노는 반막부 세력을 지지하였다. 결국 막부군이 패배하고 사쓰마 번 등 반막부 세력이 승리하여 새로이 조정을 구성하기에 이른다. 아직 무진전쟁 중이던 1868년 동정대총독(東征大総督) 아리스가와노미야 다루히토 친왕(有栖川宮熾仁親王)은 에도 성을 접수하고 (음)4월에 자군 전사자들을 위한 위령제를 지냈다.

3) 그해 (음)5월에는 교토의 태정관 명의로 포고령이 내렸는데, 1853년(흑선내항) 이래 순난자(殉難者)의 영혼을 제사한다는 내용이 있었다. 이 포고령은 야스쿠니 신사 창건에도 영향을 끼쳤다. 이 해에 메이지 정부는 신불분리령을 내려, 기존의 일본종교계에서 불교와 신토가 습합된 것을 억지로 나누도록 하였다. 이 시기에 일본 전역에서 많은 불상과 법구, 사찰이 파괴되었으며 승려들이 강제환속하였다. 국가신토를 위한 사전포석이었다.

4) 무진전쟁이 끝난 1869년 (음)6월 12일, 메이지 덴노는 나라를 위해 싸운(친덴노적인) 전사자들을 위해 (오늘날의 야스쿠니 신사 자리에) 쇼콘사(招魂社)를 세우라는 명령을 내린다. 그달 29일에 야스쿠니 신사 자리에서 군무관지사(軍務官知事) 코마츠노미야 아키히토 친왕(小松宮彰仁親王)[8]이 제관이 되어 무진전쟁에서 사망한 정부군 사망자 3588위를 위한 위령제를 지냈다. 창건 당시에는 도쿄 쇼콘사(東京招魂社)라 이름하였다. 즉 혼을 불러 진정케 하는 절이다. 사실 쇼콘(招魂), 즉 초혼(招魂)이란 단어는 음양도 계통에서나 사용할 뿐, 다른 곳에서는 쓰이지 않았다. 굳이 쇼콘이란 단어를 사용한 시점에서 기존의 일본 종교시설과는 뭔가 다르게 하겠다는 의도를 읽을 수 있다.

5) 일본 전통에서 일단 전쟁에서 승리하여 위령제를 지낼 경우 아군과 적군을 가리지 않았으나쇼콘사는 명백히 막부측 전사자를 배제하였다.

1870년, 메이지 덴노는 대교선포(大教宣布) 칙령을 내린다. 이는 국가신토를 일본의 사실상 국교로 삼겠다는 의사표명이었다.

1871년, 도쿄 쇼콘사가 덴노가의 문장인 국화 문양을 사용할 수 있는 허가를 받았다.

1879년(메이지 12년) 6월, 국가신토의 상징답게 신사로 개편하면서 이름도 야스쿠니(靖國), 즉 나라를 평화롭게 한다는 뜻으로 바꾸었다. 신불분리령, 대교선포 칙령도 내렸는데 불교스러운 이름을 사용하기 곤란하다는 이유로, 확실히 신사(神社)스러운 이름으로 바꾸었다. 야스쿠니(靖国)는 춘추좌씨전에서 유래한 단어로, 일본에서는 오랫동안 같은 뜻의 야스쿠니(安国)를 사용하였다. 하지만 安国이 사찰 이름로 자주 쓰이는 등 불교적 느낌이 강하다고 생각하여, 일부러 좌씨전에서 나온 야스쿠니(靖国)란 말을 사용한 것이다.

1887년, 신사의 관할주체가 육해군성으로 바뀌었다. 그 전까지는 육해군성뿐만이 아니라 내무성까지 3자가 공동으로 관할하였다.

패전 이전까지 일본의 신사는 a)관폐대사(官幣大社), b)국폐대사(国幣大社), c)관폐중사(官幣中社), d)국폐중사(国幣中社), e)관폐소사(官幣小社), f)국폐소사(国幣小社) 순으로 나누어 관리하였다. 여기서 관폐사와 국폐사가 나뉘는데 중앙정부 차원에서 파견하는 신기관(神祇官)이 신에게 폐백(예물)을 바치는 곳은 관폐사, 지방관(고구시国司)이 폐백을 바치는 곳은 국폐사라 하였다. 당연히 격은 관폐대사가 가장 높고 국폐소사가 가장 낮았다. 드물게 이런 체계에 잘 맞추기 힘든 신사가 있는데, 그런 곳을 별격관폐사(別格官幣社)로 나누어 관리하였으며, 대우는 관폐소사에 준하였다. 야스쿠니 신사도 관폐소사에 준하여 대우받는 별격관폐사였다.

6) 1945년 일본이 패전한 뒤 1년이 지난 1946년 2월, 종교법인령이 공표되어 국가신토가 제도적으로 사라졌다. 그해 9월에 야스쿠니 신사는 민간종교법인으로 바뀌었으나, 여전히 신사본청(神社本庁)의 관할을 받지 않는 특수한 신사로 남았다.[13] 1947년에 평화헌법이 공표되면서, 헌법의 종교자유 조항에 따라 일반 신사들은 압류된 재산 등을 돌려받았다. 하지만 야스쿠니 신사를 비롯하여 지방의 호국신사들은 제외되었다.

GHQ가 해산되고 일본이 다시 독립국이 된 1952년 10월에 쇼와 덴노 부부가 패전 이후 처음으로 야스쿠니 신사를 참배하였다. 일본 유족회는 패전 이전 야스쿠니 신사가 별격관폐사였을 때처럼 정부에게 예산을 지원해달라고 요청하였다. 또한 일본 유족회는 오모토에서 갈라진 신흥종교 생장의 집(生長の家), 신사본청 등 관련 종교단체는 물론 우익단체까지 끌어모아 야스쿠니 국영화를 도모하기도 하였다. 이들은 GHQ 시절에 철거된 충혼비 등을 복구하였다.

7) 시간이 지날수록 야스쿠니 신사와 자위대가 서로 노골적으로 결탁하는 등의 분위기가 조성되자, 1967년 일본 자민당에선 야스쿠니 신사의 종교성을 완전히 제거하려는 시도를 하였다. 이유는 헌법 때문인데, 종교단체이기 때문에 국영화가 안 된다면, 종교단체가 아니게 하면 된다는 것. 그러나 신사본청이나 유족회가 극렬하게 반대하여 이 또한 무산되었다.

자민당은 방책을 조금 바꾸어 68년부터 73년까지 5번에 걸쳐 야스쿠니 신사를 특수법인화하는 시도하였다. 이는 평화헌법에서 정교분리를 규정하기 때문에 민간종교단체 야스쿠니 신사를 국영화할 수 없다면, 특수법인으로 만들어 국영화하겠다는 의도였다. 그러나 반대세력(좌익,주로 일본 공산당, 반 천황 연합, 재일본조선인총연합회, 종교계)에 의해 뜻을 접어야 했다.야스쿠니신사(靖國神社)는 신도(神道)의 사원으로 일본 천황과 정부를 위해 전사한 사람들의 영혼을 신으로 모시고 제사지내고 있다. 합사(合祀, 둘 이상의 영혼을 함께 모시는 것)된 인원은 246만여 명에 이른다. 여기에는 한국인 2만 1,000여 명, 타이완인 2만 7,000여 명이 포함되어 있다. 제2차세계대전 후 연합국이 주도한 극동국제군사재판(도쿄재판)에서 유죄판결을 받은 A급전범 14명도 합사되어 있다. 일본 정부가 제신명표(祭神名票), 즉 전몰자의 명단을 통보하면 신사가 합사 여부를 결정하는 구조로 되어 있다. 합사가 결정되면 초혼(招魂)되어 영령(英靈)이 되고 영새부(靈璽簿)에 기재됨으로써 제신(祭神)이 된다. 합사된 사람들의 명단만 있을 뿐 유골은 없다. 합사 과정에서 유족의 동의 여부는 고려하지 않는다.

8) 메이지유신 이후 일본 천황과 정부를 위해 전사한 사람들의 영혼을 위령(慰靈)할 목적으로 1869년 6월 도쿄쇼콘사(東京招魂社)가 설립되었다. 메이지 천황은 그 운영비로 1만석의 농토를 하사하였다. 이것이 야스쿠니신사의 전신이다. 1879년 6월 야스쿠니신사로 그 명칭이 변경되었다.

신사(神社)는 일본의 전통적인 신앙인 신도의 사원이다. 신도는 자연을 신으로 숭배하다가 점차 조상을 숭배하는 형태로 바뀌었다. 민간신앙으로 존속하던 신도는 메이지 천황 때 국가가 주도하는 국가신도가 되었다. 이후 천황은 국가신도를 주재하는 제주(祭主)로서 일본 국민을 정신적으로 지배하는 존재가 된다. 국가가 종교에 관여한다는 비난을 우려한 일본 정부는 국가신도는 종교가 아니라고 강변하였다. 일본 정부는 국가신도를 전 국민에게 강요하였으며, 신도의식을 국가의식으로 확립하였다.

9) 청일전쟁, 러일전쟁, 제1차세계대전, 만주사변, 중일전쟁, 태평양전쟁 등 일련의 전쟁을 치르면서 야스쿠니신사에 합사되는 전몰자들은 급격하게 증가하였다. 야스쿠니신사에는 전몰자만 합사되어 있는 것이 아니라 천황을 위해 순직한 사람들도 합사되어 있다. 요시다 쇼인(吉田松陰)은 막부 말기의 학자로서 존황양이(尊皇攘夷)를 주장하다가 1859년 막부에 의해 처형되었다. 그는 천황을 위해 순직한 순난자(殉難者)로 인정되어 야스쿠니신사에 합사되었다. 1978년 A급전범 14명이 전몰자가 아님에도 불구하고 야스쿠니신사에 합사된 것도 이들이 순난자로 인정되었기 때문이다.

10) 일반 신사의 경우 앞서 기술한 바와 같이, 내무성이 관할하는 것과 달리 야스쿠니신사는 육해군성이 관할하였다. 야스쿠니신사가 단순한 종교시설을 넘어서 군사목적을 가진 시설이었음을 알 수 있다. 야스쿠니신사는 일본이 침략전쟁을 전개하는 동안 전몰자를 위령(慰靈)하고 현창(顯彰, 드러내어 밝힘)함으로써 국민들을 선동하여 전쟁터로 동원하는 역할을 수행하였던 것이다.

11) 제2차세계대전에서 패배한 일본은 연합국총사령부(GHQ)의 점령통치하에 놓이게 되었다. GHQ는 국가신도가 천황제 및 군국주의 이데올로기 형성에 기여한 것으로 판단하고 이를 해체하는 조치를 취하였다. GHQ는 1945년 12월 정치와 종교를 분리하고, 정부와 공무원의 신도 및 신사에 대한 지원, 감독, 홍보 활동을 전면적으로 금지하였다. 1947년 5월부터 시행된 일본국헌법은 정치와 종교를 분리하고(제20조), 종교단체에 대한 정부의 재정적 지원을 금지하였다(제89조). 그러나 1952년 4월 샌프란시스코조약의 발효로 독립국의 지위를 되찾게 되면서 야스쿠니신사의 지위를 회복시키려는 움직임이 활발해졌다. 일본유족회, 야스쿠니신사, 신사본청은 종교시설로서의 성격을 유지한 채 국가보호를 받는 방안을 추진하였으나 헌법위반이라는 벽에 부딪쳤다. 국영화방안이 좌절되자 이들은 일본 각료들의 공식참배를 촉구하는 운동으로 방향을 전환하였다. 총리와 각료들의 공식참배를 통해 야스쿠니신사에 합사된 전몰자들의 명예를 회복하고, 이를 통해 국가보호도 자연스럽게 끌어낼 수 있다는 계산이었다.