계의 뿌리를 추적 할 수있는 Y 염색체 하 플로 그룹 은 수만 년에 걸친 장기적인 추적에 적합하고, 1990 년대 후반부터 연구가 급속히 진전했다. 이에 따라 현대 일본인은 종래 생각되어왔다보다 현저 고 황색 인종 인 죠몽 인의 피를 잇고있는 것이 판명되어왔다.

하 플로 그룹 C1a (Y 염색체)의 분포 (C1a1 & C1a2)

사키 타니 만의 분석에서는 일본인은 주로 Y 염색체 하 플로 그룹 D1a2 의 죠몽 계와 하 플로 그룹 O1b2 의 야요이 계 를 기원으로하는 것이 밝혀졌다. 이 하 플로 그룹 D1a2 는 아이누 인 · 오키나와 사람 · 본토 일본인의 3 집단에 많이 볼 수있는 유형이며, 한반도 와 중국 ( 한족 )은 전혀 보이지 않는다. 이 하 플로 그룹 D1a2 는 아이누 인의 88 %에서 발견되는 것으로부터, D 계통은 옛 조몬인 (구석기 시베리아)의 것으로 간주하고있다. 그러나 죠몽 인의 하 플로 그룹이 D1a2 뿐이었다 것은 아니고 하 플로 그룹 C1a1 도 있었던 것으로 알려져 있지만, 다수파로 현재까지 전해진 하 플로 그룹이 D1a2이라고 할 수있다 ^[11] .

하 플로 그룹 D 계통은 YAP 형 (YAP 하 플로 타입)라고도 현대 아시아에서 지배적 인 O 계통 이나 C2 계통 은 분기에서 7 만 년 이상 경과하고, 가장 근연이며 같은 YAP 형인 E 계통 모두 6.5 만 년 전에 분기 한 계통이다. 현재 D 계통은 일본 열도 이외에서 최상의 지역은 티벳 ^[12] [13] 와 안다만 제도 ^[14] 밖에 없다.

또한 당시의 야요이 인 과 현대 동아시아에서 지배적 인 O 계통 은 우랄 계 의 N 계통 과 백인 계에서 최다 인 R 계통 등과 근연이며, YAP 형 (D 계통, E 계통)과 완전히 다른 그룹이다. 이상에서 죠몽 인에서 자연 진화으로 야요이 인 이 파생했다는 설은 완전히 부정되고있다.

일본 열도에 D 계통의 사람들이 들어왔다는 수만 년 전 마지막 빙하기 붙어 있음의 시대로 간주하고있다. 그 증거로, 일본인의 D 계통에만 볼 수있는 많은 SNP의 발생을들 수있다. SNP는 돌연변이에 의해 발생하는 확률적인 현상이기 때문에 발생 수에 따라 시간의 경과를 알 것이다. 일본 고유의 D1a2 계통 은 그 발생에서 3.5-3.7 만 년 정도 경과하고있는 것으로 알려져 ^[15] 고고학에서 요구되는 일본 열도에 처음 현생인류 집단이 도래 한시기와 일치하고있다.

오랫동안 죠몽 인의 인골보다 Y 염색체 하 플로 그룹은 분석되어 오지 않았지만, 홋카이도 레 분도 의船泊유적 ( 죠몽 시대 후기 전엽에서 중엽 (약 3,800 ~ 3,500 년 전))에서 출토 된 인골 ·船泊5 호의 Y 염색체 하 플로 그룹이 D1a2b1 (D-CTS220) 인 것으로 밝혀졌다 ^[16] . 그러면 " 하 플로 그룹 D1a2 조몬 계이다」라고 종래부터의 가설에 하나 접근했지만 검증 한 것은 긴 조몬 시대 중기의 한 사람이기 때문에, 시대, 지역 모두 광범위하게 다수의 검증 이 기대된다. 3500 년 이전 분도 죠몽 인 여성의 전체 게놈 분석은 에스키모와 같은 동물성 지방의 소화에 뛰어 것을 보여주고있다. https://www.sankei.com/life/news/190513/lif1905130030-n1.html 특히 하 플로 그룹 C1a1 확산 연대와 죠몽 문화 시작시기가 일치하고있어 향후 연구 여하에 따라서는 초기 죠몽 인 주요 DNA가 될 가능성이있다. C1a1 및 C2a 일본인 고유이며, 현재 일본에서는 약 5 %의 빈도로 발견되고있다.